1942年3月5日第一个海军工程营成立，官兵们主要来自建筑业的应征入伍者，平均年龄37岁，包括机械操作手、焊工、铁匠、建筑工人。
二战期间，约32万5千名海军工程在六大洲和太平洋区域的300多个岛屿上边建筑边战斗，与海军和陆战队并肩战斗，陆战队占领滩头后，海军工兵马上开始工作，建造了111个主要飞机跑道和441个码头，容积1亿加仑的储油设施，150万人的住房和7万张床位的野战医院。强大的野战工程施工能力，在瓜岛，在马里亚纳，在冲绳，让小鬼子瞠目结舌。
战后，海军工程兵们绝大部分又回到家乡从事平民工作，但5年后，1万多人重新征召被要求参加朝鲜战争，不仅在仁川登陆几小时后就顶着炮火建成了临时码头，还实施了当时最大的填海造陆工程——2英里长的Cubi点机场跑道，在菲律宾。
1955年海军工程兵又加入了南极洲的DeepFreeze行动，修建科考站，200多名Seabees越冬兵修建了一条6000英尺长的冰跑道，使得飞机首次降落在南极。
随后的越南战争，更是Seabees热带丛林苦难的开始。
Seabees的座右铭：我建造！我战斗！这个在越南体现地尤为突出。
1965年6月，海军工兵三级建筑机械师MarvinShields在东秀战役中丧生，被授予国会荣誉勋章。他随海军工兵1104部队一起执行任务时，遇到越共部队攻击，在第一次受伤后依然坚持为队友提供弹药达3小时，第2次受伤后坚持战斗4小时，然后志愿协助指挥官敲掉了敌人机枪火力点，在返回时受到致命伤死亡。
除了修基地，海工兵也投入了人道主义行动。
包括在波多黎各、日本、关岛、希腊、西西里岛和西班牙修复海军基地，还有印度洋上最著名的军事基地——迭戈加西亚的建造，耗时11年1亿美元，成为印度洋上的“珍珠港”。
1953年朝鲜战争后就在执行人道主义任务，包括地震、飓风、海啸灾后重建。1992年在索马里，1994加州地震，1995年在克罗地亚，1998年加勒比飓风。
另外还有全球发展中国家建设的很多道路、孤儿院和公共事业。
目前Seabees属于海军建筑工程司令部下属，包括:
海军工程1大队，加州，下辖NMCB3/4/5三个工程营，303维护队，水下工程2队
海军工程2大队，密西西比，下辖NMCB1/11/133三个工程营，202维护队，水下工程1队。
海军工程1团，加州，下辖NMCB18/22/25三个工程营。
海军工程2团，密西西比，下辖NMCB14/27两个工程营
海军工程22团，密西西比，空壳
海军工程30团，加州，空壳
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